中国农业发展战略研究院成立于2018年1月26日，是中国工程院和中国农业科学院共同设立共同领导、围绕我国“三农”重大战略问题及农业前沿科技问题开展咨询研究的专业化、学术型、非盈利性研究机构。成立以来，在中国工程院和中国农业科学院的共同领导下，农业发展战略研究院积极谋划发展，不断创新体制机制，做实做强战略研究工作，发挥了支撑政府决策，服务产业发展的重要作用。

2018年，中国农业发展战略研究院成立之初，制定《中国农业发展战略研究院章程》，2020年，中国工程院关于印发《中国工程科技发展战略行业研究院（中心）管理办法》的通知）（中工发〔2020〕38号）明确，中国工程院是各行业院的业务指导部门，负责按照规定程序接受行业院的项目申请和委托相关任务；共建单位是行业院的主管部门，按照本单位相关规定负责对行业院进行管理和监督。中国农业发展战略研究院主管部门为中国农业科学院，由中国农业科学院进行管理和监督，不再实行原理事会制，领导人选由中国农业科学院确定后报中国工程院备案。

为推进中国农业发展战略研究院的制度体系建设和日常运转运行，中国农业发展战略研究院已制定了《中国农业发展战略研究院项目管理办法》《中国农业发展战略研究院经费管理办法》《中国农业发展战略研究院人员管理办法》和《中国农业发展战略研究院考核管理办法》4项管理制度。

中国农业发展战略研究院通过组织建设农业战略研究联盟构建合作研究平台，通过组织召开农经观察等构建学术交流平台，通过院内基础数据观测站点、试验基地网络体系等构建数据信息平台，有力支撑战略研究工作开展。目前，中国农业发展战略研究院已与北京大学、中国科学院等相关机构开展了实质性合作。打造农经观察等战略研究学术交流平台，逐步建立战略研究智慧的交流高地。

中国农业发展战略研究院在运行过程中严格遵守章程规定，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，按照国家农业高端智库的发展定位要求，以服务“三农”决策、支撑地方发展和引领科技创新为使命，以建设国家倚重、社会信任、国际知名的国家农业高端智库为总目标，按照“建体系、强能力、优机制、创品牌”的建设思路，强化顶层设计，统筹资源配置，汇聚智库力量，创新体制机制，加快形成系统高效、开放共享的战略研究和智库建设体系，发挥“三农”创新思想库、政府决策智囊团、公众认知风向标的作用。